Rzeki Tadżykistanu są pełne i należą głównie do basenu Morza Aralskiego. I tylko nieliczni wpadają do wód jeziora Karakul lub rzeki Tarima.
Rzeka Amu-daria
Kanał Amu-darii przechodzi jednocześnie przez terytorium czterech krajów - Afganistanu, Tadżykistanu, Uzbekistanu i Turkmenistanu. Całkowita długość kanału wynosi 2400 kilometrów. Spośród nich 1415 kilometrów przebiega przez kraj. Źródłem Amu-darii jest zbieg dwóch rzek - Vakhsh i Pyanj. Ujście rzeki to wody Morza Aralskiego (u zbiegu tworzy dużą deltę).
W pobliżu rzeki jest kilka dopływów. Średnio Amu-daria otrzymuje wody Kafirnigan, Surkhandarya i Sherebad, a także jeden lewy dopływ - rzeka Kunduz. A dalej, aż do miejsca zbiegu, nie ma już dopływów. Wody rzeki są aktywnie wykorzystywane, dlatego Amu-daria nie dociera do Morza Aralskiego. To właśnie stało się jedną z przyczyn jej wysychania.
W wodach Amu-darii występuje kilka różnych odmian ryb: boleń; łysy mężczyzna; sum aralny; leszcz; szablasty; srebrny karp; biały amur; nienawidzić.
Rzeka Wańdż
Jedna z rzek, której kanał znajduje się wyłącznie na terytorium Tadżykistanu. Jest to prawy dopływ rzeki Pyanj. Całkowita długość rzeki to 103 kilometry. Źródłem jest zbieg dwóch rzek – jedna schodzi z lodowców grzbietu Vanch, druga z grzbietu Akademii Nauk (zachodni stok). Kanał biegnie między grzbietami Vanch i Darvaz.
Rzeka Kaszkadaria
Terytorialnie koryto rzeki przechodzi przez ziemie Tadżykistanu (region Sughd) i Uzbekistanu (region Kaszkadaria). Konwencjonalnie rzeka ma trzy nazwy: w górnym biegu - Obikhunda; danie środkowe - Shinachasai; niższy - Maimanakadarya.
Całkowita długość kanału wynosi 378 kilometrów. Źródło rzeki znajduje się na wysokości 2960 metrów nad poziomem morza i tworzą dwie nienazwane rzeki. Główne dopływy: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardaria.
Rzeka Muksu
Całkowita długość kanału wynosi 88 kilometrów. Muksu znajduje się w regionie Jirgatal w Tadżykistanie. Źródłem jest zbieg dwóch rzek: Seldara i Sauksoy (lodowce Fedczenko i Bolszoj Saukdar).
Rzeka Kuzyłsu
Kyzylsu, co oznacza „czerwoną rzekę”, przepływa przez terytorium Kirgistanu i Tadżykistanu. Źródłem są zbocza pasma Trans-Alai. Całkowita długość kanału to 235 kilometrów. U zbiegu z rzeką Muksu, daje początek rzece Vakhsh.
Wachsz rzeka
Całkowita długość kanału rzecznego wynosi 786 kilometrów i wszystkie przechodzą przez terytorium Tadżykistanu. Źródło rzeki znajduje się na zboczach Pamiru, ale miejsce jej zbiegu z wodami rzeki Pyanj daje początek wielkiej Amu-darii. Rzeka jest głównym źródłem nawadniania i wytwarzania energii.
