Historia Ufy sięga V wieku. Przypuszczalnie w tym czasie na terenie współczesnej Ufy znajdowała się średniowieczna osada. Wśród największych miast Złotej Ordy wybitny arabski autor XIV wieku Ibn Chaldun nazwał miastem Baszkirt (Bashgird). Teraz, przeprowadzając analizę porównawczą starożytnych map i oznaczeń, historycy dochodzą do wniosku, że to na terenie wspomnianego starego miasta stoi Ufa.
Oficjalny status miasta
W XVI wieku na terenie dzisiejszej Ufy znajdowała się zimowa siedziba gubernatora ordy nogajskiej Tury Chana. Po wkroczeniu części Baszkirii do królestwa księstwa moskiewskiego (1557) miejscowi mieszkańcy zwrócili się do Iwana IV z propozycją zbudowania na ich ziemiach miasta.
W XVI wieku (1574) w pobliżu rzeki Sutoloka zbudowano fortecę, czyli fortecę, a miejsce zaczęto nazywać dzielnicą Ufa, a Ufa stała się jej centrum. Więzienie Ufa zostało zbudowane pod kierownictwem Ivana Nagya. Przysłany później ze stolicy Michaił Nagoj był pierwszym wojewodą okręgu, kierował chatą urzędnika Ufa (miał pod swoim dowództwem dwustu łuczników).
Po wybudowaniu murów miejskich twierdza stała się znana jako Kreml. Jako dodatkowe zabezpieczenie zbudowano wokół niego ogrodzenie z solidnych bali ciasno wbijanych obok siebie, a po dwóch przeciwległych stronach konstrukcji, w części północnej i południowej wzniesiono dębową wieżę.
W XVIII wieku miasto zostało dotknięte wojną chłopską, powstanie zostało stłumione. Następnie Ufa połączyła się z prowincją Kazań, nieco później - z prowincją Orenburg. Na początku XIX w. urbanistyką zajmowały się władze lokalne. Architekt V. Geste narysował plan rozbudowanych ulic miasta. Ulica Bolshaya Kazanskaya została przeniesiona na przyszły plac Gostiny Dvor i Verkhne-Torgovaya.
XX wiek
W lipcu 1922 r. decyzją Wszechrosyjskiego Centralnego Komitetu Wykonawczego prowincja Ufa została zniesiona. W latach 20-30 ubiegłego wieku miasto zaczęło się dynamicznie rozwijać. Produkcja przemysłowa brutto wzrosła 16-krotnie. Podczas Wielkiej Wojny Ojczyźnianej do Ufy ewakuowano kilkadziesiąt przedsiębiorstw przemysłowych. Ewakuowano tu także kilka instytutów badawczych.
W związku ze wzrostem wydobycia ropy po wojnie w Ufie powstały duże rafinerie ropy naftowej, aktywnie rozwijał się przemysł maszynowy i chemiczny.
