Po raz pierwszy Nowgorod został wymieniony w kronice w 859 roku - data ta jest uważana za punkt wyjścia dla wieku miasta. W 862 roku w „Opowieści o minionych latach” znajduje się opowieść o powołaniu Waregów do Rosji. Najstarszy z przybyłych Waregów, Rurik, zaczął panować w Nowogrodzie.
Na początku XI wieku Nowogród nie różnił się strukturą od innych miast Rusi Kijowskiej. Ale w 1014 książę Jarosław Mądry odmówił płacenia hołdu Kijowowi i faktycznie Nowogród stał się niezależny. W Nowogrodzie rozpoczyna się budowa kamiennych murów miasta i kamiennej katedry Zofii.
W drugiej połowie XII wieku Nowogrodzianie uzyskali prawo do veche - zaczęli wybierać biskupa - najwyższą władzę kościelną. Pod koniec XII wieku Nowogrodzianie otrzymali prawo zapraszania książąt z dowolnego miasta do rządzenia i zawierania z nimi umowy. W 1226 r. Aleksander Jarosławowicz, później nazwany Newskim, wstąpił na tron nowogrodzki.
W XIV wieku miasto nazywało się Republiką Nowogrodzką i było jednym z największych i najbogatszych regionów Europy. Republika obejmowała terytoria obecnego Nowogrodu, Pskowa, Leningradu, Archangielska oraz autonomicznych republik Komi i Karelii. Do tego czasu należy również większość odkrytych liter z kory brzozowej. Ale pod koniec XV wieku Nowogrodzie przysięgają wierność moskiewskiemu księciu Iwanowi III.
W 1570 r. do Nowogrodu przybywa Iwan Groźny, by uspokoić mieszczan oskarżonych o fałszywe doniesienie o chęci wyjazdu na Litwę. Gwardziści od kilku tygodni niszczą i rabują Nowogród, ginie kilka tysięcy mieszkańców.
Na początku XVII wieku, w czasach kłopotów w Rosji, Nowogród został zajęty przez Szwedów, populacja zmniejszyła się do 800 osób. W drugiej połowie XVII wieku Nowgorod zasiedlili osadnicy z Wałdaju, Tichwinu i innych okolicznych miast. W XVIII wieku, wraz z początkiem budowy Petersburga, Nowogród ostatecznie traci swoje znaczenie handlowe i gospodarcze. Pod koniec XVIII wieku Nowogród zaczął być przebudowywany zgodnie z ogólnym planem. W 1862 roku w mieście otwarto pomnik Tysiąclecia Rosji.
Podczas Wielkiej Wojny Ojczyźnianej Nowogród został zajęty przez nazistów w sierpniu 1941 r. 20 stycznia 1944 r. został wyzwolony przez wojska sowieckie.
W 1959 r. Nowogród obchodził 1100-lecie istnienia.
