Rzeki Estonii są bardzo małe, a spośród siedmiuset rzek w kraju tylko dziewięć może pochwalić się pokonaniem granicy stu kilometrów.
Rzeka Piusa
Piusa przechodzi przez terytoria dwóch państw - Republiki Estonii i Rosji. Całkowita długość koryta rzeki wynosi dziewięćdziesiąt trzy kilometry. Podział jest następujący: Estonia posiada osiemdziesiąt kilometrów Piusa; udział terytorium rosyjskiego wynosił małe trzynaście kilometrów. Całkowita powierzchnia zlewni to 796 kilometrów kwadratowych.
Źródło rzeki znajduje się na ziemiach estońskich w wodach jeziora Alasjärv (wieś Villa, położona w kierunku południowo-zachodnim od wsi Vastseliina - dwanaście kilometrów). Ujście rzeki jest lustrem jeziora Peipsi, niedaleko wsi Budovizh. U zbiegu Piusu dzieli się, wpadając do jeziora dwoma odgałęzieniami.
Środkowy bieg rzeki - osiemnaście kilometrów między wioskami Vastseliina i Saetamme - biegnie wzdłuż pięknej kotliny. To ona stała się miejscem, w którym zorganizowano rezerwat. Został założony w 1965 roku i zajmuje obszar o łącznej powierzchni ponad dziewięciu kilometrów kwadratowych.
Rzeka Võhandu
Võhandu to najdłuższa droga wodna w republice. Jego całkowita długość wynosi sto sześćdziesiąt dwa kilometry. Źródło Võhandu znajduje się w pobliżu estońskiej osady Saverna. Następnie przechodzi przez głębiny jeziora Jiksi i kończy podróż, łącząc się z wodami Ciepłego Jeziora. Dzieje się to niedaleko wioski Võõpsu.
Warto zauważyć, że przed jeziorem Vagula mieszkańcy nazywają tę rzekę Pyhajõgi, a po jej wyjściu z jej wód – Voo.
Statki pływają wzdłuż rzeki na odcinku ograniczonym jeziorem Peipsi i portem znajdującym się na terenie wsi Võõpsu. Liczne strumienie są głównymi dostawcami wody do Võhandu.
Parnawa
Parnawa to estońska rzeka o łącznej długości stu czterdziestu czterech kilometrów. Całkowita powierzchnia zlewni to prawie siedem kilometrów kwadratowych. Źródłem rzeki jest miniaturowe jezioro o pochodzeniu źródlanym (niedaleko Roosno-Alliku), ale kończy ono szlak Pärnu, wpadając do wód Zatoki Pärnus (część Zatoki Ryskiej, akwen Bałtyku).
Rzeka jest zasilana mieszanką. A jeśli w górnym biegu wody podziemne stają się dostawcami, to w dolnym pada deszcz. Rzeka nie zawsze zamarza zimą. Jeśli tak się stanie, to lód tworzy się od około drugiej dekady grudnia i utrzymuje się do końca marca.
Rzeka jest żeglowna tylko w miejscu jej ujścia. W jedenastu miejscach koryto rzeki jest zablokowane przez tamy.
